Cài đặt sudo python py cài đặt

Hiện tại, HTSeq hỗ trợ Linux và OSX nhưng không hỗ trợ hệ điều hành Windows, vì một trong những phụ thuộc chính, Pysam, thiếu hỗ trợ tự động và không tác giả HTSeq nào có quyền truy cập vào máy như vậy. Tuy nhiên, nó có thể hoạt động với một số công việc, nếu bạn cần hỗ trợ cho vấn đề này, hãy mở một vấn đề trên trang Github của chúng tôi

HTSeq tuân theo các quy ước cài đặt của nhiều gói Python. Trong trường hợp tốt nhất, nó nên cài đặt từ PyPI như thế này

pip install HTSeq

Nếu điều này không hiệu quả, vui lòng mở một vấn đề trên Github và thử các hướng dẫn bên dưới

Cài đặt trên Linux

Bạn có thể chọn cài đặt HTSeq qua các gói phân phối của mình hoặc qua pip. Phiên bản trước thường được khuyến nghị nhưng có thể được cập nhật ít thường xuyên hơn phiên bản pip

Người quản lý gói phân phối

• Ubuntu [e. g. cho Trăn 2. 7]

  sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq
  

• Vòm [e. g. sử dụng aura, nếu không thì bạn có thể lấy các gói AUR]

  sudo pacman -S python python-numpy python-matplotlib
  sudo aura -A python-pysam python-htseq
  

PIP

PIP sẽ chăm sóc các yêu cầu cho bạn

pip install HTSeq

Cài đặt từ GIT

Nếu bạn muốn cài đặt phiên bản phát triển, chỉ cần sao chép kho lưu trữ git, chuyển sang nhánh/cam kết bạn muốn và sử dụng setuptools

python setup.py build
python setup.py install

Các tùy chọn công cụ thiết lập điển hình có sẵn [e. g.

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

0,

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

1]

Để kiểm tra quá trình cài đặt, hãy đổi sang một thư mục khác ngoài thư mục bản dựng, khởi động Python [bằng cách gõ

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

2 hoặc

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

3] rồi thử xem việc gõ

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

4 có gây ra lỗi hay không

Cài đặt trên MacOS X

Người dùng Mac nên cài đặt NumPy như được giải thích ở đây trong tài liệu NumPy/SciPy. Lưu ý rằng bạn cần cài đặt Xcode để có thể biên dịch NumPy. Do sự lộn xộn mà Apple gần đây đã tạo ra từ Xcode, toàn bộ quá trình có thể hơi rườm rà hơn mức cần thiết, đặc biệt nếu bạn làm việc với OSX Lion, vì vậy hãy đọc kỹ hướng dẫn

Nếu bạn muốn tạo các ô hoặc sử dụng htseq-qa, bạn cũng sẽ cần matplotlib. [Đối với htseq-count, không bắt buộc. ] Dường như có một gói nhị phân ["trứng Python"] có sẵn trên trang Matplotlib SourceForge

Để tự cài đặt HTSeq, hãy tải xuống gói nguồn từ trang HTSeq PyPI, giải nén tarball, vào thư mục chứa các tệp đã giải nén và nhập vào đó

python setup.py build

để biên dịch HTSeq. Nếu bạn gặp lỗi liên quan đến tính khả dụng của trình biên dịch C, bạn có thể cần đặt các biến môi trường để trỏ Python tới. Hướng dẫn cài đặt NumPy/SciPy ở trên đề cập đến chủ đề này rất tốt và cũng có thể áp dụng ở đây, vì vậy chỉ cần thực hiện tương tự như bạn đã làm để cài đặt NumPy

Sau khi xây dựng thành công, hãy sử dụng

python setup.py --user

để cài đặt HTSeq cho người dùng hiện tại. Để cung cấp HTSeq cho tất cả người dùng, hãy sử dụng thay thế

python setup.py build
sudo python setup.py install

Để kiểm tra quá trình cài đặt, hãy đổi sang thư mục khác ngoài thư mục bản dựng, khởi động Python [bằng cách gõ

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

2] rồi thử xem việc gõ

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

4 có gây ra lỗi hay không

MS Windows

Nếu bạn chưa cài đặt Python, hãy cài đặt trước. Bạn có thể tìm thấy trình cài đặt tự động cho Windows trên trang tải xuống Python. Đảm bảo sử dụng Python 2. 7, không phải Python 3. 3

Sau đó cài đặt phiên bản mới nhất của NumPy. Xem trang PyPI của NumPy để biết trình cài đặt tự động

Nếu bạn muốn tạo các ô hoặc sử dụng htseq-qa, bạn cũng sẽ cần matplotlib. [Đối với htseq-count, không bắt buộc. ] Làm theo hướng dẫn cài đặt trên trang web của họ

Để tự cài đặt HTSeq, chỉ cần tải xuống trình cài đặt Windows từ trang tải xuống HTSeq và chạy nó

Để kiểm tra cài đặt của bạn, hãy khởi động Python rồi thử xem việc gõ

sudo apt-get install build-essential python2.7-dev python-numpy python-matplotlib python-pysam python-htseq

4 có gây ra lỗi không

Nếu bạn nhận được thông báo lỗi “ImportError. DLL không tải được”, rất có thể bạn đang thiếu tệp MSVCR110. DLL trên hệ thống của bạn, bạn có thể tải xuống tệp này bằng cách tải xuống và cài đặt tệp “vcredist_x86. exe” từ trang này

Làm cách nào để cài đặt thiết lập py trong Python?

Thiết lập py trong gói Python là gì?

Làm cách nào để cài đặt Python trên Linux?

cài đặt py pip là gì?