Xem thảo luận
Cải thiện bài viết
Lưu bài viết
Xem thảo luận
Cải thiện bài viết
Lưu bài viết
Đọc
Bàn luận
Python3
Căn chỉnh trình tự theo cặp là một quá trình trong đó hai chuỗi được so sánh tại một thời điểm và sự liên kết trình tự tốt nhất có thể được cung cấp. Căn chỉnh trình tự cặp sử dụng thuật toán lập trình động. Biopython có mô -đun đặc biệt Bio.Pairwise2 xác định trình tự căn chỉnh bằng phương thức cặp. Biopython cung cấp thuật toán tốt nhất để tìm chuỗi căn chỉnh so với phần mềm khác.
Hãy cùng lấy hai chuỗi đơn giản và giả thuyết làm ví dụ để sử dụng mô -đun cặp.
from
Bio
import
pairwise2
from
Bio.Seq
import
Seq
seq1
=
Bio
0Bio
1Bio
2
Bio
3=
Bio
0Bio
6Bio
2
import
5import
6import
7
Output:
Bio
8=
import
0
import
1 import
22____23 import
4
Ký tự mã | Sự mô tả |
x | Không có tham số. Nhân vật giống hệt nhau có điểm 1, khác 0. |
m | Điểm trận đấu của ký tự giống hệt nhau, điểm không phù hợp. |
d | Từ điển trả về điểm số của bất kỳ cặp ký tự nào. |
c
Ký tự mã | Sự mô tả |
x | Không có tham số. Nhân vật giống hệt nhau có điểm 1, khác 0. |
m | Điểm trận đấu của ký tự giống hệt nhau, điểm không phù hợp. |
d | Từ điển trả về điểm số của bất kỳ cặp ký tự nào. |
c
Python3
Căn chỉnh trình tự theo cặp là một quá trình trong đó hai chuỗi được so sánh tại một thời điểm và sự liên kết trình tự tốt nhất có thể được cung cấp. Căn chỉnh trình tự cặp sử dụng thuật toán lập trình động. Biopython có mô -đun đặc biệt Bio.Pairwise2 xác định trình tự căn chỉnh bằng phương thức cặp. Biopython cung cấp thuật toán tốt nhất để tìm chuỗi căn chỉnh so với phần mềm khác.
Hãy cùng lấy hai chuỗi đơn giản và giả thuyết làm ví dụ để sử dụng mô -đun cặp.
from
Bio
import
pairwise2
from
Bio
import
pairwise2
from
Bio.Seq
import
Seq
seq1
=
Bio
0Bio
1Bio
2
Bio
3=
Bio
0Bio
6Bio
2
Bio
8=
import
0
Output:
import
1 import
22____23 import
4
Python3
Ở đây, phương thức GlobalXX thực hiện công việc chính, nó tuân theo quy ước XX trong đó XX là mã có hai ký tự cho biết các tham số cần thiết. Ký tự thứ nhất cho biết điểm phù hợp và không khớp trong khi thứ hai chỉ ra tham số cho hình phạt khoảng cách.
Hãy cùng lấy hai chuỗi đơn giản và giả thuyết làm ví dụ để sử dụng mô -đun cặp.
from
Bio
import
pairwise2
from
Bio.Seq
import
Seq
seq1
=
Bio
0Bio
1Bio
2
import
6seq1
4
Bio
3=
Bio
0Bio
6Bio
2
Bio
3=
Bio
0Bio
6Bio
2
import
5import
6=
4
Output: