- Đến. sneha bairy ,
- Môn học. Lại. [modeller_usage] Truy xuất chuỗi đầy đủ từ tệp PDB
- Từ
- Ngày. Thứ năm, ngày 10 tháng 2 năm 2011 20. 04. 28 giờ GMT
Hello,
You can try the PDB module of the Biopython, it does it very
well.
//biopython.org/DIST/docs/cookbook/biopdb_faq.pdf
How do I extract polypeptides from a Structure object?
Use PolypeptideBuilder. You can use the resulting
Polypeptide object to get the
sequence as a Seq object or to get a list of C atoms as
well. Polypeptides can be built using a C-N or a C -C
distance criterion.
Example:
# Using C-N
ppb=PPBuilder[]
for pp in ppb.build_peptides[structure]:
print pp.get_sequence[]
# Using CA-CA
ppb=CaPPBuilder[]
for pp in ppb.build_peptides[structure]:
print pp.get_sequence[]
Note that in the above case only model 0 of the structure is
considered by PolypeptideBuilder.
However, it is possible to use PolypeptideBuilder to build
Polypeptide objects from Model and Chain objects as well.
How do I get the sequence of a structure?
The first thing to do is to extract all polypeptides from
the structure [see previous entry]. The sequence of each
polypeptide can then easily be obtained from the Polypeptide
objects. The sequence is represented as a Biopython Seq
object, and its alphabet is defined by a ProteinAlphabet
object.
Example:
> > > seq=polypeptide.get_sequence[]
> > > print seq
Seq[?SNVVE...?, ]
Best regards,
Romain
----- Original Message -----
Expéditeur: sneha bairy
à:
Sujet: [modeller_usage] Retrieving full sequence from PDB
file
Date: Mon, 7 Feb 2011 11:23:10 -0600
> Hello,
> For the project I am working on, I need all the sequence
> residues from the pdb file irrespective of whether the
> residues have atom information or not. I saw that there is
> a way to write out the residues with atom information from
> the pdb file. But is there a way to write out all the
> sequence residues mentioned at the top of the pdb file?
>
> Thanks,
> Sneha
>
>
> _______________________________________________
> modeller_usage mailing list
>
> //salilab.org/mailman/listinfo/modeller_usage
>
-----
Romain Studer
Dept of Structural and Molecular Biology
Darwin Building
University College London
Gower Street, WC1E 6BT London
Tel +44[0]20 7679 3890
Fax +44[0]20 7679 7193
Một thẻ đã tồn tại với tên chi nhánh được cung cấp. Nhiều lệnh Git chấp nhận cả tên thẻ và tên nhánh, vì vậy việc tạo nhánh này có thể gây ra hành vi không mong muốn. Bạn có chắc chắn muốn tạo nhánh này không?
để ghi lại trong SeqIO. phân tích cú pháp [pdb_file, 'pdb-atom']. ^ Lỗi cú pháp. EOF không mong muốn trong khi phân tích cú pháp Plase giải quyết cũng là vấn đề đối với tôi
THÊM TRẢ LỜI • 2. 7 năm trước bởi geethus2009 • 0
1
Vào chế độ chỉnh sửa
mã phải dành cho python 3
Mã này hoạt động tốt với Python 3. 6 trên máy tính của tôi. Ngoài ra, tôi nghĩ bạn có thể có ấn tượng sai rằng tôi nên khắc phục sự cố này ngay cả sau khi cung cấp mã đầy đủ cho bạn
THÊM TRẢ LỜI • 2. 7 năm trước bởi Mensur Dlakic ★ 22k
0
Vào chế độ chỉnh sửa
ngày tốt
Cảm ơn vì kịch bản
Nó hoạt động, nhưng tôi có một câu hỏi. Làm cách nào tôi có thể biết trình tự FASTA của một lựa chọn cụ thể của tệp PDB?
Cảm ơn nhiều
Trân trọng, Brandon U
THÊM TRẢ LỜI • 18 tháng trước bởi Brandon Usuga • 0
0
Vào chế độ chỉnh sửa
Bạn có thể sửa đổi mã của Mensur Dlakic như sau. Điều này sẽ giúp bạn có được 10 AA đầu tiên
import sys
from Bio import SeqIO
PDBFile = sys.argv[1]
with open[PDBFile, 'r'] as pdb_file:
for record in SeqIO.parse[pdb_file, 'pdb-atom']:
print['>' + record.id]
print[record.seq[:10]]
Kiểm tra phần bổ sung [:10] để biến điều này thành có thể. Bạn có thể sử dụng một khoảng thời gian thích hợp e. g. [4:24] để nhận các phần khác của trình tự