Chương này sẽ trình bày cách để thực hiện các phép kiểm định thống kê cơ bản bằng cách sử dụng base R, rstatix, và gtsummary.
- Kiểm định t
- Kiểm định Shapiro-Wilk
- Kiểm định tổng thứ hạng Wilcoxon
- Kiểm định Kruskal-Wallis
- Kiểm định Chi-squared [Chi bình phương]
- Tương quan giữa các biến định lượng
…nhiều kiểm định khác có thể được thực hiện, nhưng chúng tôi chỉ trình bày các kiểm định thông dụng và kết nối với các phần khác trong cuốn sổ tay này.
Mỗi package được đề cập bên trên đều có một số ưu điểm và khuyết điểm nhất định:
- Sử dụng các câu lệnh của base để in các kết quả đầu ra thống kê trong R Console
- Sử dụng các câu lệnh của rstatix để cho kết quả dưới dạng data frame hoặc khi muốn thực hiện các kiểm định theo nhóm
- Sử dụng các câu lệnh của gtsummary khi muốn kết quả là các bảng biểu có thể sử dụng được ngay
Các bước chuẩn bị
Gọi các packages
Đoạn code này hiển thị việc gọi các package cần thiết cho phân tích. Trong cuốn sổ tay này, chúng tôi nhấn mạnh đến hàm
t.test[df1$age_years, df2$age_years]
2 trong package pacman, cài đặt gói lệnh nếu cần thiết và gọi chúng ra để sử dụng. Các package đã cài đặt cũng có thể được gọi ra bằng
t.test[df1$age_years, df2$age_years]
3 từ base R. Xem thêm thông tin các package của R trong chương .
pacman::p_load[
rio, # File import
here, # File locator
skimr, # get overview of data
tidyverse, # data management + ggplot2 graphics,
gtsummary, # summary statistics and tests
rstatix, # statistics
corrr, # correlation analayis for numeric variables
janitor, # adding totals and percents to tables
flextable # converting tables to HTML
]
Nhập số liệu
Chúng ta nhập bộ số liệu của các ca bệnh về một vụ dịch Ebola mô phỏng. Để tiện theo dõi, bấm để tải bộ số liệu linelist “đã được làm sạch” [as .rds file]. Nhập số liệu bằng hàm
t.test[df1$age_years, df2$age_years]
4 từ package rio package [nó chấp nhận nhiều loại tập tin như .xlsx, .rds, .csv - xem thêm chương để biết thêm chi tiết].
# import the linelist
linelist