Máy tàu thủy Viện Hàng hải
Khoa Máy tàu thủy [cũ] thuộc Viện Hàng hải phụ trách đào tạo 02 chuyên ngành: Vận hành khai thác máy tàu thủy và Công nghệ máy tàu thủy thuộc ngành Khoa học hàng hải.
Hàng hải Viện Hàng hải
Khoa Hàng hải [cũ] thuộc Viện Hàng hải là một trong những đơn vị có bề dày truyền thống của Trường Đại học Giao thông vận tải TP. HCM. Khoa phụ trách ngành Khoa học hàng hải với các chuyên ngành: Điều khiển tàu biển, Quản lý hàng hải.
Kỹ thuật tàu thủy Viện Cơ khí
Khoa Kỹ thuật tàu thuỷ [cũ] thuộc Viện Cơ khí phụ trách ngành Kỹ thuật tàu thuỷ, bắt đầu đào tạo từ năm 1997 [với tên ngành Thiết kế và Đóng thân tàu]. Ngành Kỹ thuật tàu thuỷ với 3 chuyên ngành đào tạo: Thiết kế thân tàu thủy, Công nghệ đóng tàu thủy, Kỹ thuật công trình ngoài khơi.
Khoa Công trình giao thông
Khoa Công trình giao thông được thành lập trên cơ sở Bộ môn Công trình thủy và thềm lục địa từ năm 1997. Khoa phụ trách các ngành: Kỹ thuật xây dựng công trình giao thông, Kỹ thuật xây dựng công trình thủy.
Khoa Điện Điện tử viễn thông
Khoa Điện Điện tử viễn thông được thành lập năm 1997; Khoa phụ trách các ngành: Kỹ thuật điện, Kỹ thuật điện tử viễn thông, Kỹ thuật điều khiển và tự động hóa.
Khoa Công nghệ thông tin
Khoa Công nghệ thông tin được thành lập từ năm 1996; Khoa phụ trách 02 ngành: Công nghệ thông tin [Information Technology] và ngành Mạng máy tính & truyền thông dữ liệu [Computer Networkingand Data Communications].
Cơ khí Viện Cơ khí
Khoa Cơ khí [cũ] thuộc Viện Cơ khí được thành lập năm 2001 theo quyết định số 29/2001/TCCB ngày 27/6/2001 của Hiệu trưởng Trường. Khoa Cơ khí [cũ] phụ trách các ngành Kỹ thuật cơ khí và Kỹ thuật ô tô.
Khoa Kinh tế vận tải
Khoa Kinh tế vận tải phụ trách các ngành: Logistics và Quản lý chuỗi cung ứng, Khai thác vận tải, Kinh tế vận tải, Kinh tế xây dựng.
Khoa Kỹ thuật xây dựng
Khoa Kỹ thuật xây dựng phụ trách ngành Kỹ thuật xây dựng với 3 chuyên ngành đào tạo: Xây dựng dân dụng và công nghiệp, Kỹ thuật kết cấu công trình, Kỹ thuật nền móng và công trình ngầm.
Trường Đại học Giao thông vận tải TP. HCM [2018]
Trường Đại học Giao thông vận tải TP. Hồ Chí Minh [Ho Chi Minh City University of Transport] trực thuộc Bộ Giao thông vận tải; Trường được thành lập trên cơ sở Phân hiệu Đại học Hàng hải tại TP. Hồ Chí Minh theo Quyết định số 66/2001/QĐ-TTg ngày 26/4/2001 của Thủ tướng Chính phủ.