Hướng dẫn is python good for bioinformatics? - python có tốt cho tin sinh học không?

Tin sinh học luôn sử dụng các chương trình máy tính để xác định chức năng gen và protein và thiết lập các mối quan hệ tiến hóa. Ngôn ngữ lập trình rất hữu ích trong tin sinh học vì nhiều lý do. Nếu bạn muốn nổi bật như một chuyên gia tin sinh học, việc có kiến ​​thức và kỹ năng lập trình về Python có thể rất có lợi.

Trong bài viết này, bạn sẽ tìm hiểu về những lợi ích của việc sử dụng Python trong tin sinh học, đường dẫn giáo dục có sẵn và thư viện tin sinh học Python. Ngoài ra, còn có một hướng dẫn học tập từng bước để giúp bạn bắt đầu. Bạn sẽ có được tất cả các thông tin cần thiết để trở thành một chuyên gia khi nói đến Python và tin sinh học.

Tìm Bootcamp của bạn phù hợp

• Karma nghề nghiệp phù hợp với bạn với bootcamp công nghệ hàng đầu
• Truy cập các học bổng và khóa học chuẩn bị độc quyền

Chọn mối quan tâm của bạn họ Tên điện thoại Email Tên của bạn
First name

Last name

Email

Phone number

Bằng cách tiếp tục, bạn đồng ý với các điều khoản dịch vụ và chính sách quyền riêng tư của chúng tôi và bạn đồng ý nhận được các ưu đãi và cơ hội từ Karma nghề nghiệp qua điện thoại, tin nhắn văn bản và email.

Python là gì?

Python là ngôn ngữ lập trình đa năng được sử dụng để phát triển trang web và phần mềm, tự động hóa và phân tích dữ liệu. Đây là một trong những ngôn ngữ lập trình phổ biến nhất trên thế giới do thiết kế cấp cao, dễ tiếp cận và dễ hiểu, giúp nó phù hợp với nhiều dự án. & NBSP;

Python đã được sử dụng để viết một số ứng dụng phần mềm phổ biến như YouTube, Google, Instagram, Spotify, Reddit và Quora. Nó được các lập trình viên ưa thích vì nó trực quan hơn các ngôn ngữ lập trình khác. Nó cũng là một trong những công cụ phổ biến được sử dụng trong tin sinh học vì sự nhấn mạnh vào khả năng đọc mã.

Python được sử dụng cho tin sinh học là gì?

Python được sử dụng cho một số nhiệm vụ trong tin sinh học bao gồm nghiên cứu học thuật, thao tác dữ liệu, giải trình tự protein, phân tích dữ liệu, trực quan hóa dữ liệu, truy cập cơ sở dữ liệu và học tập thống kê. Nó cũng được sử dụng để phân tích cấu trúc đại phân tử, phân tích trình tự DNA và phân tích dữ liệu microarray. & NBSP;

Hầu hết các chuyên gia tin sinh học hoặc nhà sinh học không biết cách lập trình và thích dành thời gian cho các nhiệm vụ khác. Điều này làm cho Python trở nên lý tưởng cho họ vì nhiều thư viện có sẵn để hợp lý hóa quá trình lập trình. Những chuyên gia này cũng thấy nó hữu ích cho việc tạo mẫu nhanh hơn, gỡ lỗi dễ dàng hơn và kết quả hiệu quả hơn.

Mất bao lâu để học Python cho tin sinh học?

Sẽ mất từ ​​một vài tuần và một vài tháng. Điều này phụ thuộc vào con đường giáo dục của bạn, định dạng học tập và kiến ​​thức trước đây hoặc kinh nghiệm lập trình. Có nhiều con đường giáo dục khác nhau để bạn học Python như bootcamp mã hóa hoặc lớp trực tuyến. & NBSP;

Mã hóa bootcamp thường mất từ ​​bốn tuần đến chín tháng tùy thuộc vào sự lựa chọn của bạn về bootcamp và định dạng học tập. Các chương trình bán thời gian và trực tuyến thường kéo dài hơn các chương trình toàn thời gian và trực tiếp. Các khóa học trực tuyến chủ yếu là tự nhịp độ và chỉ phụ thuộc vào bạn.

Tại sao bạn nên học Python cho tin sinh học?

Python là ngôn ngữ lập trình ưa thích cho tin sinh học vì nhiều lý do. Phần này sẽ bao gồm các chi tiết ngắn gọn về một vài lý do bao gồm thiết kế dễ sử dụng, cộng đồng và thư viện rộng lớn, tính nhất quán và độ tin cậy, thao tác dữ liệu dễ dàng và khả năng tương thích với các công cụ hiện có.

Dễ sử dụng

Python được thiết kế cho người mới bắt đầu để có thể tận dụng lợi ích của nó với sự trợ giúp của nhiều thư viện có sẵn miễn phí. Nó có một cú pháp tương tự như ngôn ngữ tiếng Anh giúp bạn dễ dàng tìm thấy cách lập trình và phát triển web hoặc phần mềm. & NBSP;

Là một chuyên gia tin sinh học, bạn sẽ có các nhiệm vụ khác để tập trung và cần một ngôn ngữ lập trình dễ dàng mà giành được quá nhiều thời gian để làm chủ.

Cộng đồng lớn

Python là một ngôn ngữ rất phổ biến với một cộng đồng lớn đã dẫn đến việc tạo ra một số thư viện để hỗ trợ lĩnh vực tin sinh học. Cộng đồng Python được tạo thành từ hàng triệu nhà phát triển phần mềm sẵn sàng giúp bạn. & NBSP;

Một số cộng đồng Python phổ biến nhất bao gồm Full Stack Python, Pyslackers, Real Python và Python Discord. Khi một người nào đó sẵn sàng học hỏi và sử dụng Python, việc tham gia bất kỳ cộng đồng nào trong số này sẽ có ích vì bạn có thể dễ dàng tiếp cận với bất kỳ chuyên gia nào có sẵn để được giúp đỡ. & NBSP;

Đặc biệt, đáng tin cậy và hiệu quả

Python có thể làm việc hiệu quả trong nhiều môi trường. Cho dù bạn làm việc với một ứng dụng web hoặc máy tính để bàn, bạn có thể mong đợi kết quả tương tự. Đây là một trong những lý do tại sao Python rất phổ biến trong số các lập trình viên. Nó cũng nhanh hơn nhiều so với nhiều ngôn ngữ lập trình khác.

Thao tác dữ liệu dễ dàng và trực quan hóa & NBSP;

Là một chuyên gia tin sinh học, bạn sẽ thường xuyên làm việc với thao tác dữ liệu. Pandas, một thư viện nguồn mở thuộc Python, cho phép các cấu trúc dữ liệu và hiệu suất cao dễ dàng, cần thiết để thao tác dữ liệu. & NBSP;

Python cũng tốt cho trực quan hóa dữ liệu vì nó là nguồn mở, dễ dàng truy cập và có một thư viện cho nhiều nhiệm vụ. Nhiều thư viện trực quan hóa dữ liệu Python có thể được sử dụng để tạo các cốt truyện trực tiếp, được cá nhân hóa và thuyết trình tương tác.

Khả năng tương thích với các công cụ hiện có & nbsp;

Một trong những điều tốt nhất về Python là khả năng tích hợp với các công nghệ hiện có. Khi làm việc với một nhiệm vụ với Python, API REST có thể giúp bạn tích hợp. Python cũng có thể chạy trên hầu hết các nền tảng.

Làm thế nào tôi có thể học Python cho tin sinh học?

Bạn có thể chọn các con đường giáo dục khác nhau để học Python cho tin sinh học. Bạn có thể tham gia một bootcamp mã hóa, đăng ký vào một khóa học trực tuyến hoặc đọc và thực hành với sách giáo khoa Python. Mỗi người đều có lợi thế và quyết định phụ thuộc vào những gì phù hợp với mục tiêu và con đường nghề nghiệp của bạn.

Mã hóa bootcamp

Coding Bootcamp được thiết kế để trang bị cho sinh viên các kỹ năng có liên quan cần thiết để bắt đầu sự nghiệp trong công nghệ. Họ thường cung cấp các chương trình trong các lĩnh vực công nghệ khác nhau từ các ngôn ngữ lập trình cụ thể như Python đến các chuyên ngành công nghệ như Khoa học dữ liệu. & NBSP;

Chúng ngắn hạn và nhập vai và có thể dạy cho bạn các kỹ năng cần thiết trong vài tuần hoặc vài tháng tùy thuộc vào định dạng học tập và lựa chọn bootcamp của bạn. Thinkful là một bootcamp mã hóa hàng đầu cung cấp nhiều chương trình bao gồm chương trình khoa học dữ liệu dạy Python trong chương trình giảng dạy của nó. Nó cung cấp một lịch trình trực tuyến bán thời gian kéo dài trong sáu tháng.

Các khóa học trực tuyến

Các khóa học trực tuyến là một cách tốt để trở thành một lập trình viên tự học. Có một số nền tảng học tập trực tuyến mà bạn có thể sử dụng cho lợi thế của mình ngày hôm nay và có được các kỹ năng bạn cần trong thời gian của riêng bạn. Điều tuyệt vời về các chương trình trực tuyến là thực tế chúng thường tự nhịp độ và cũng có thể cung cấp đào tạo thực hành.

Đối với những người có ngân sách, bạn cũng có thể tìm thấy một số khóa học miễn phí cung cấp cùng một chương trình giảng dạy như các khóa học trả phí. Một ví dụ về điều này là sinh học Coursera, đáp ứng chương trình: Tin sinh học cho người mới bắt đầu cho phép bạn đăng ký miễn phí và cũng nhận được chứng chỉ có thể chia sẻ khi kết thúc chương trình.

Sách

Mặc dù bạn có thể tìm hiểu tất cả các chi tiết và bước cần thiết thông qua sách, nhưng nó có thể là không đủ. Tuy nhiên, nó có thể giúp bạn bắt đầu trong lĩnh vực này nếu bạn tham gia vào các dự án thực hành thường xuyên để thực hành các kỹ năng bạn học. & NBSP;

Có một số cuốn sách có sẵn cho những người muốn tìm hiểu hoặc tăng kiến ​​thức của họ trong Python cho tin sinh học. Một số trong số chúng bao gồm Python cho tin sinh học của Sebastian Bassi, lập trình tin sinh học bằng cách sử dụng Python của Mitchell L. Model và làm chủ Python cho tin sinh học của Ken Youens-Clark.

Python hàng đầu cho các thư viện tin sinh học

Python có các thư viện rộng lớn mà bạn sẽ thấy hữu ích như một người mới bắt đầu và chuyên gia trong lĩnh vực này. Đối với bất kỳ nhiệm vụ nào bạn có thể muốn thực hiện bằng Python, bạn có thể gần như được đảm bảo tìm thư viện cho nó. Được liệt kê dưới đây là một số Python cho các thư viện tin sinh học. & NBSP;

• Biopython. Biopython là một công cụ nguồn mở trong Python được tạo ra bởi một liên minh quốc tế gồm các nhà phát triển. Nó là một bản tổng hợp các công cụ Python được sử dụng cho sinh học tính toán và tin sinh học. Đây là một thư viện lý tưởng để sử dụng khi học Python cho tin sinh học và có tài liệu có tính năng, căn chỉnh trình tự và mã nguồn.. BioPython is an open-source tool in Python created by an international coalition of developers. It is a compilation of Python tools used for computational biology and bioinformatics. This is an ideal library to use when learning Python for bioinformatics and features documentation, sequence alignment, and source code.
• Pycogent. PyCogent là một thư viện phần mềm cho sinh học bộ gen được sử dụng để có ý nghĩa về trình tự sinh học và bộ gen.. PyCogent is a software library for genomic biology that is used for making sense of biological and genome sequences.
• Biskit. Biskit là một thư viện Python nguồn mở khác có thể được sử dụng để nghiên cứu, thao tác sinh học cấu trúc và phân tích các cấu trúc đại phân tử, phức hợp protein và quỹ đạo động lực phân tử. & NBSP;. Biskit is another open-source Python library that can be used for structural bioinformatics research, manipulation, and analysis of macromolecular structures, protein complexes, and molecular dynamics trajectories. 
• Ngân hà. Galaxy là một nền tảng mở, dựa trên web cho nghiên cứu y sinh thâm dụng dữ liệu với một cộng đồng các chuyên gia muốn chia sẻ những phát hiện của họ. Nó rất dễ sử dụng, tái sản xuất và minh bạch. Galaxy is an open, web-based platform for data-intensive biomedical research with a community of experts who like to share their findings. It is easy to use, reproducible, and transparent.
• Pymol. Pymol là phần mềm trực quan hóa phân tử nguồn mở có thể được sử dụng để kết xuất và các cấu trúc phân tử 3D hoạt hình.. PyMOL is open-source molecular visualization software that can be used to render and animate 3D molecular structures.

Cách học Python cho tin sinh học: Hướng dẫn từng bước

Có nhiều bước khác nhau mà bạn có thể thực hiện để học Python cho tin sinh học tùy thuộc vào những gì phù hợp với bạn. Hướng dẫn từng bước sau đây được khuyến nghị làm cho hành trình học tập của bạn dễ dàng hơn và cũng giúp bạn trở thành một chuyên gia. & NBSP;

Hoàn thiện các kỹ năng toán học của bạn

Để bắt đầu học Python như một công cụ tin sinh học, bạn cần đảm bảo rằng bạn biết các khía cạnh quan trọng của toán học bao gồm đại số, tính toán, xác suất và thống kê. Những kỹ năng này rất cần thiết để giúp bạn hiểu những điều cơ bản của Python và lập trình nói chung. Bạn có thể làm điều này bằng cách tham gia một số khóa học trực tuyến, đọc sách có liên quan và thực hành.

"Karma nghề nghiệp bước vào cuộc sống của tôi khi tôi cần nó nhất và nhanh chóng giúp tôi kết hợp với bootcamp. Hai tháng sau khi tốt nghiệp, tôi tìm thấy công việc mơ ước của mình phù hợp với các giá trị và mục tiêu của tôi trong cuộc sống!"

Sao Kim, Kỹ sư phần mềm tại Rockbot

Tìm hiểu các thuật toán và cấu trúc dữ liệu

Cấu trúc dữ liệu cho phép bạn lưu trữ và truy cập dữ liệu và hiểu rõ về chúng sẽ giúp bạn khi làm việc trong Python. Python được thiết kế để người dùng có thể xây dựng cấu trúc dữ liệu của riêng họ và kiểm soát chức năng của chúng. Các thuật toán được sử dụng để cung cấp các giải pháp cho các vấn đề phân tích dữ liệu mà bạn có thể gặp phải khi làm việc.

Học viết mã với Python

Khi bạn có được sự hiểu biết về cấu trúc dữ liệu và thuật toán, bạn có thể tham gia bất kỳ khóa học nào trong nhiều khóa học có sẵn trên Internet để tìm hiểu cách viết mã với Python. Học Python có thể dễ dàng vì cú pháp của nó tương tự như ngôn ngữ tiếng Anh và thân thiện với người mới bắt đầu. Nếu bạn gặp khó khăn, bạn có thể tìm kiếm sự giúp đỡ từ cộng đồng và thư viện lớn của Python.

Tìm hiểu tin sinh học

Đây là dành cho những người đã có các chuyên gia về tin sinh học. Những người có thể dễ dàng tiến hành giai đoạn tiếp theo và bắt đầu làm việc trong các dự án. Đối với những người phát triển, bạn nên thu thập càng nhiều tài nguyên càng tốt và sử dụng các nguồn lực trực tuyến để có được sự hiểu biết sâu sắc về tin sinh học. Điều này sẽ dễ dàng, đặc biệt là đối với những người đã có kinh nghiệm sinh học.

Làm việc trên các dự án tin sinh học Python

Giai đoạn cuối cùng liên quan đến việc bạn làm việc trên nhiều dự án nhất có thể, bắt đầu với những dự án dễ dàng. Bạn có thể kiểm tra trực tuyến các dự án tin sinh học Python cho người mới bắt đầu và cố gắng làm việc trên một mã mỗi ngày để hoàn thiện chúng. Khi bạn đã hoàn thành một số dự án cấp độ mới bắt đầu và tự tin vào các kỹ năng của mình, bạn có thể chuyển sang cấp độ tiếp theo và áp dụng cho các vai trò cấp nhập cảnh. & NBSP;

Bắt đầu học Python cho tin sinh học ngay hôm nay

Theo Cục Thống kê Lao động, các nhà khoa học nghiên cứu thông tin và máy tính, bao gồm các chuyên gia tin sinh học, có triển vọng công việc là 22 phần trăm. Tỷ lệ này cao hơn hầu hết các nghề nghiệp khác. Các nhà khoa học tin sinh học có mức lương trung bình hàng năm là 96.979 đô la theo PayScale, cũng cao hơn hầu hết các ngành nghề.

Học Python cho tin sinh học sẽ giúp bạn thúc đẩy triển vọng nghề nghiệp trong ngành. Cho dù bạn mới sử dụng tin sinh học hay một chuyên gia dày dạn kinh nghiệm, có kỹ năng Python sẽ làm tăng triển vọng nghề nghiệp của bạn.

Python nào là tốt nhất cho tin sinh học?

R hay Python có tốt hơn cho tin sinh học không?

Ngôn ngữ nào là tốt nhất cho tin sinh học?

Có tin sinh học cần mã hóa?