Ma trận khoảng cách Python từ tọa độ
Tôi có một danh sách tọa độ xyz của các điểm khác nhau từ tệp PDB được gán cho biến x. Đây là một đoạn của những gì nó trông giống như Show
Tôi muốn sử dụng những điểm này để tính toán ma trận khoảng cách. Tôi đã cố gắng sử dụng hàm distance_matrix của SciPy, tuy nhiên nó dường như không hỗ trợ tọa độ xyz, chỉ có tọa độ x và y. Có cách nào nhanh chóng để tính toán ma trận khoảng cách này theo cách thủ công không? pdb trăn • 3. 3k lượt xemTHÊM NHẬN XÉT • đã cập nhật 4. 1 năm trước bởi Joe 20k • đã viết 4. 1 năm trước bởi westin. kosater ▴ 70 1 Vào chế độ chỉnh sửa Bạn có thể làm điều này trong R với gói rpdb dễ dàng hơn nhiều. Ngoài ra, tôi khuyên bạn nên giữ tên nguyên tử được đính kèm THÊM TRẢ LỜI • 4. 1 năm trước bởi Michael Dondrup 52k 0 Vào chế độ chỉnh sửa Tôi đồng ý với Michael rằng có lẽ tốt nhất là giữ cho nó 'nguyên vẹn' với tên nguyên tử, v.v., nhưng thứ bạn đang tìm kiếm là khoảng cách Euclide 3D Hãy xem. https. // stackoverflow. com/câu hỏi/1401712/làm thế nào-có thể-the-euclid-khoảng cách-được-tính-với-numpy THÊM TRẢ LỜI • 4. 1 năm trước bởi Joe 20k 2 Vào chế độ chỉnh sửa 4. 1 năm trước joe 20k Bỏ qua nhận xét trước đó của tôi, tôi nghĩ đây là một cách để làm điều đó, mặc dù tôi chưa kiểm tra để đảm bảo toán học là chính xác. Những con số trông ổn mặc dù tôi nghĩ Tôi đã phải định dạng lại một chút dữ liệu đầu vào của bạn để dễ sử dụng hơn một chút Dữ liệu đầu vào
Mã số
Một số ví dụ đầu ra
Điều này sẽ cung cấp cho bạn mọi thứ ở định dạng 'dài' cho tất cả các khoảng cách điểm theo cặp, tôi không chắc bạn muốn tất cả so với tất cả hay chỉ tất cả so với một, nhưng sẽ không mất nhiều thời gian để thao tác điều này trong một ma trận API ma trận khoảng cách cung cấp khoảng cách và thời gian di chuyển cho ma trận điểm xuất phát và điểm đến, đồng thời bao gồm các hàng chứa các giá trị
Bạn có thể làm gì với API ma trận khoảng cách?API trả về thông tin dựa trên tuyến đường được đề xuất giữa điểm bắt đầu và điểm kết thúc. Bạn có thể yêu cầu dữ liệu khoảng cách cho các chế độ di chuyển khác nhau, yêu cầu dữ liệu khoảng cách theo các đơn vị khác nhau như km hoặc dặm và ước tính thời gian di chuyển khi tham gia giao thông Để biết thêm ví dụ, hãy xem hướng dẫn dành cho nhà phát triển API ma trận khoảng cách, cung cấp phần giới thiệu về cách sử dụng API và tài liệu tham khảo về các thông số có sẵn Tại sao sử dụng Ma trận khoảng cách?Sử dụng API ma trận khoảng cách khi giải pháp của bạn yêu cầu khoảng cách và thời gian di chuyển giữa một danh sách lớn các điểm xuất phát-điểm đến Nếu bạn muốn sử dụng chức năng Ma trận khoảng cách và nhận tuần tự hóa các yêu cầu và giải tuần tự hóa các phản hồi, thử lại tự động và một số xác thực yêu cầu của ứng dụng khách, hãy thử một trong các thư viện ứng dụng khách của chúng tôi. Nếu bạn đã sử dụng API JavaScript của Maps, hãy sử dụng dịch vụ Ma trận khoảng cách để nhận chức năng của API ma trận khoảng cách Ghi chú. Dịch vụ này không trả lại thông tin tuyến đường chi tiết. Để có được điều đó, hãy chuyển điểm gốc và điểm đến mong muốn cho API Chỉ đường.Cách sử dụng Ma trận khoảng cáchTruy cập API ma trận khoảng cách thông qua giao diện HTTP, với các yêu cầu được tạo dưới dạng chuỗi URL, chuyển nguồn gốc và đích cùng với khóa API của bạn Ma trận khoảng cách được tính như thế nào?Ma trận khoảng cách giữa các hình, D∈R+N×N, được tính toán bằng cách sử dụng Mục nhập liền kề Khoảng cách giữa các bản đồ tự chức năng, trong đó N là số lượng hình . (94)Dij=DAE(Ci,Cj)i,j∈{1… N}.
Ma trận khoảng cách theo cặp là gì?Trong toán học, khoa học máy tính và đặc biệt là lý thuyết đồ thị, ma trận khoảng cách là ma trận vuông (mảng hai chiều) chứa khoảng cách, được lấy theo cặp, giữa các phần tử của một tập hợp . Tùy thuộc vào ứng dụng liên quan, khoảng cách được sử dụng để xác định ma trận này có thể hoặc không phải là số liệu. . Depending upon the application involved, the distance being used to define this matrix may or may not be a metric.
Ma trận khoảng cách trong khai thác dữ liệu là gì?Ma trận khoảng cách là bảng hiển thị khoảng cách giữa các cặp đối tượng . Ví dụ: trong bảng bên dưới, chúng ta có thể thấy khoảng cách giữa A và B là 16, giữa A và C là 47, v.v. Theo định nghĩa, khoảng cách của một đối tượng so với chính nó, được hiển thị trong đường chéo chính của bảng, là 0. |