Conda cài đặt biopython

tôi đang làm việc trên cửa sổ. Tôi nghĩ rằng tôi đã cài đặt biopython với pip trong một môi trường conda cụ thể. Nguyên nhân với

conda activate models
pip install biopython

nói

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)

Tuy nhiên khi chạy trong pycharm

import biopython

Đưa ra lỗi

ImportError: No module named 'biopython'

Tôi chắc chắn rằng nó đã được cài đặt đúng env vì tôi đã cài đặt các mô-đun python khác ở đó và chúng đã hoạt động. Đã thử thêm biến vào đường dẫn người dùng như được giải thích tại đây. https. //www. opentechguides. com/how-to/article/windows-10/113/windows-10-set-path. html nhưng nó vẫn không hoạt động

Trăn sinh học • 2. 3k lượt xem

THÊM NHẬN XÉT • liên kết 3. 3 năm trước bởi kỳ nhông ▴ 510

0

Vào chế độ chỉnh sửa

Conda cài đặt biopython

3. 3 năm trước

ram 37k

Tôi không nghĩ đó là

import biopython
0, mà là
import biopython
1

THÊM NHẬN XÉT • liên kết 3. 3 năm trước bởi Ram 37k

0

Vào chế độ chỉnh sửa

cũng không hoạt động với Bio. Ngay cả sau khi thêm vào đường dẫn của các biến hệ thống.

import biopython
2 Có thiếu thứ gì không?

THÊM TRẢ LỜI • liên kết 3. 3 năm trước bởi kỳ nhông ▴ 510

0

Vào chế độ chỉnh sửa

Bạn có thể thực hiện các thí nghiệm sau và xem mọi thứ bị hỏng ở đâu không

  1. Mở python trong conda env
    import biopython
    
    3, sau đó chạy
    import biopython
    
    1 để xem nó có hoạt động không
  2. Nếu 1 hoạt động, hãy thử chạy python bên ngoài conda env, rồi
    import biopython
    
    1
  3. Nếu 2 hoạt động, thì hãy thử
    import biopython
    
    1 từ bên trong PyCharm

Các bước trên sẽ cho bạn biết liệu đó có phải là trăn không thể nhìn thấy vị trí mô-đun hay PyCharm đang hành động hài hước. Bước 1 xác nhận rằng bạn có cài đặt biopython đang hoạt động. Ngoài ra, từ mỗi cái, in ra

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
2 để xem thư mục bạn đã thêm có hiển thị trong biến
Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
3 không

Cài đặt

import biopython
7 từ kênh
import biopython
8 có thể đạt được bằng cách thêm
import biopython
8 vào các kênh của bạn với

conda config --add channels conda-forge
conda config --set channel_priority strict

Khi kênh

import biopython
8 đã được bật, có thể cài đặt
import biopython
7 với
conda install biopython
1

conda install biopython

hoặc với

conda install biopython
2

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
0

Có thể liệt kê tất cả các phiên bản của

import biopython
7 có sẵn trên nền tảng của bạn với
conda install biopython
1

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
2

hoặc với

conda install biopython
2

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
4

Ngoài ra,

conda install biopython
6 có thể cung cấp thêm thông tin

Requirement already satisfied: biopython in c:\users\tania\.conda\envs\models\lib\site-packages (1.74)
Requirement already satisfied: numpy in c:\users\tania\appdata\roaming\python\python35\site-packages (from biopython) (1.16.3)
6

Giới thiệu về conda-forge

Conda cài đặt biopython

conda-forge là kênh conda do cộng đồng lãnh đạo gồm các gói có thể cài đặt. Để cung cấp các bản dựng chất lượng cao, quá trình này đã được tự động hóa trong tổ chức GitHub của conda-forge. Tổ chức conda-forge chứa một kho lưu trữ cho mỗi gói có thể cài đặt. Một kho lưu trữ như vậy được gọi là một nguồn nguyên liệu

Nguyên liệu được tạo thành từ công thức conda (hướng dẫn về nội dung và cách xây dựng gói) và các cấu hình cần thiết để xây dựng tự động bằng cách sử dụng các dịch vụ tích hợp liên tục có sẵn miễn phí. Nhờ dịch vụ tuyệt vời được cung cấp bởi Azure, GitHub, CircleCI, AppVeyor, Drone và TravisCI, có thể xây dựng và tải các gói có thể cài đặt lên kênh Anaconda-Cloud conda-forge cho Linux, Windows và OSX tương ứng

Để quản lý việc tích hợp liên tục và đơn giản hóa việc bảo trì nguyên liệu conda-smithy đã được phát triển. Sử dụng

conda install biopython
7 trong kho lưu trữ này, có thể hiển thị lại tất cả các tệp hỗ trợ của nguyên liệu này (và. g. các tệp cấu hình CI) với
conda install biopython
8

Để biết thêm thông tin, vui lòng kiểm tra tài liệu conda-forge

thuật ngữ

nguyên liệu - công thức conda (nguyên liệu thô), tập lệnh hỗ trợ và cấu hình CI

conda-smithy - công cụ giúp sắp xếp nguyên liệu. Công dụng chính của nó là xây dựng các tệp CI

conda install biopython
9 và đơn giản hóa việc quản lý nhiều nguyên liệu

conda-forge - nơi nguyên liệu và lò rèn sinh sống và làm việc để sản xuất thành phẩm (bản phân phối conda được xây dựng)

Cập nhật biopython-feedstock

Nếu bạn muốn cải thiện công thức biopython hoặc xây dựng phiên bản gói mới, vui lòng rẽ nhánh kho lưu trữ này và gửi PR. Sau khi gửi, các thay đổi của bạn sẽ được chạy trên các nền tảng phù hợp để người đánh giá có cơ hội xác nhận rằng những thay đổi đó dẫn đến một bản dựng thành công. Sau khi hợp nhất, công thức sẽ được xây dựng lại và tự động tải lên kênh

import biopython
8, sau đó các gói conda đã xây dựng sẽ có sẵn để mọi người cài đặt và sử dụng từ kênh
import biopython
8. Lưu ý rằng tất cả các nhánh trong conda-forge/biopython-feedstock đều được xây dựng ngay lập tức và mọi gói đã tạo đều được tải lên, do đó, PR nên dựa trên các nhánh trong nhánh và chỉ nên sử dụng các nhánh trong kho lưu trữ chính để xây dựng các phiên bản gói riêng biệt

Biopython có phải là một gói không?

Gói Biopython là phần mềm mã nguồn mở được cung cấp theo các điều khoản hào phóng.

Biopython có miễn phí không?

Biopython là một bộ có sẵn miễn phí công cụ tính toán sinh học được viết bằng Python bởi một nhóm các nhà phát triển quốc tế.

Biopython có phải là nguồn mở không?

Dự án Biopython là một bộ sưu tập mã nguồn mở gồm các công cụ Python phi thương mại dành cho sinh học tính toán và tin sinh học, được tạo bởi một hiệp hội quốc tế về nhà phát triển.