Lưu dưới dạng HTML trong R

@Frank lưu ý rằng giá trị mặc định cho

---
title: "myreport"
author: "Andrea Panizza"
date: "`r Sys.Date()`"
output: html_document
params: 
  output_dir: "../foobar"

---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(readr)
# Set output directory
data_dir <- "../data"
output_dir <- params$output_dir

```

## Complex computations

```{r mean, echo=FALSE}
average <- mean(seq(1,10))
results <- data.frame(average = average)

```

## Save results

```{r write_data}
output_filename <- ("results.csv")
output_path <- file.path(output_dir, output_filename)
write_csv(results, output_path)

``` 

1 hiện là một thư mục không tồn tại. Vì vậy, nếu thay thế tham số không hoạt động, thì tôi sẽ gặp lỗi

Trong các hướng dẫn trước, chúng ta đã học về định dạng R Markdown và cách tạo báo cáo bằng cách sử dụng R Markdown trong RStudio. Trong hướng dẫn này, chúng tôi sẽ kết xuất hoặc knit tài liệu R Markdown sang định dạng

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

0, thân thiện với web bằng cách sử dụng gói

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

1

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2.

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2 có thể được sử dụng để chuyển đổi các tệp R Markdown sang nhiều định dạng khác nhau bao gồm.

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

0,

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

3, đánh dấu GitHub (

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

4) và hơn thế nữa

Mục tiêu học tập

Vào cuối bài học này, bạn sẽ

• Có thể tạo (knit) tệp

  
  # what is the working directory?
  getwd()
  
  [1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"
  
  # set working dir as a variable
  my.dir <- getwd()
  
  # what files are in that working directory?
  list.files(my.dir, recursive= TRUE)
  

  0 từ tệp R Markdown
• Biết cách sửa đổi các tùy chọn mâm cặp để thay đổi nội dung được hiển thị và không được hiển thị trên tệp

  
  # what is the working directory?
  getwd()
  
  [1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"
  
  # set working dir as a variable
  my.dir <- getwd()
  
  # what files are in that working directory?
  list.files(my.dir, recursive= TRUE)
  

  0 đầu ra

Những gì bạn cần

Bạn sẽ cần phiên bản mới nhất của

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

1 và, tốt nhất là, tải xuống RStudio trên máy tính của bạn để hoàn thành hướng dẫn này. Bạn cũng sẽ cần một tài liệu R Markdown chứa tiêu đề R Markdown2, đoạn mã và phân đoạn đánh dấu

Tải dữ liệu bài học

Cài đặt gói R

• người đan. R Markdown3
• đánh dấu. R Markdown4

Đan là gì?

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2 là gói

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

1 mà chúng tôi sử dụng để chuyển đổi tài liệu R Markdown sang định dạng khác, thân thiện với người dùng hơn như R Markdown8 hoặc R Markdown9

Gói

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2 cho phép chúng tôi

• Xuất bản và chia sẻ kết quả sơ bộ với cộng tác viên
• Tạo các báo cáo chuyên nghiệp ghi lại quy trình công việc và kết quả của chúng tôi trực tiếp từ mã của chúng tôi, giảm nguy cơ vô tình sao chép và dán hoặc lỗi sao chép
• Ghi lại quy trình làm việc của chúng tôi để tạo điều kiện tái sản xuất
• Thay đổi hiệu quả đầu ra mã (số liệu, tệp) khi có thay đổi về dữ liệu, phương pháp, v.v.

Gói

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2 được thiết kế để trở thành một công cụ minh bạch để tạo báo cáo động với

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

1 – Yihui Xi – người tạo gói đan

Khi nào đan. Đan là một bài tập hữu ích trong suốt quy trình làm việc khoa học của bạn. Nó cho phép bạn xem đầu ra của mình trông như thế nào và cũng để kiểm tra xem mã của bạn có chạy không có lỗi không. Thời gian cần thiết để đan tùy thuộc vào độ dài và độ phức tạp của tập lệnh cũng như kích thước dữ liệu của bạn

cách đan

Vị trí của nút đan trong `RStudio` trong Phiên bản 0. 99. 903

Để đan trong RStudio, nhấp vào nút Knit kéo xuống. Bạn muốn sử dụng tùy chọn Đan HTML cho bài học này

Khi bạn nhấp vào nút Knit HTML, một cửa sổ sẽ mở ra trong bảng điều khiển của bạn có tiêu đề R Markdown. Khung này hiển thị tiến trình đan. Tệp đầu ra (trong trường hợp này là ____10) sẽ tự động được lưu trong thư mục làm việc hiện tại. Nếu có lỗi trong mã, một thông báo lỗi sẽ xuất hiện cùng với số dòng trong Bảng điều khiển R để giúp bạn chẩn đoán sự cố

mẹo dữ liệu. Bạn có thể chạy

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

2 từ dấu nhắc lệnh bằng cách sử dụng. R Markdown6

Xem đầu ra

R Markdown (trái) và kết quả HTML (phải) sau khi đan

Khi đan xong, tệp

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

0 được tạo sẽ tự động mở

Lưu ý rằng thông tin từ tiêu đề R Markdown2 (tiêu đề, tác giả, ngày tháng) được in ở đầu tài liệu HTML. Sau đó,

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

0 hiển thị văn bản, mã và kết quả của mã mà bạn đã đưa vào tài liệu RStudio0

Hoạt động thử thách

Thêm mã bên dưới vào tài liệu RStudio1 của bạn. Sau đó, định dạng knit đến R Markdown8

# load the ggplot2 library for plotting
library(ggplot2)

# download data from figshare
# note that we are downloading  the data into your working directory (earth-analytics)
download.file(url = "https://ndownloader.figshare.com/files/7010681",
              destfile = "data/boulder-precip.csv")

# import data
boulder_precip <- read.csv(file="data/boulder-precip.csv")

# view first few rows of the data
head(boulder_precip)

# when we download the data we create a dataframe
# view each column of the data frame using it's name (or header)
boulder_precip$DATE

# view the precip column
boulder_precip$PRECIP

# q plot stands for quick plot. Let's use it to plot our data
qplot(x=boulder_precip$DATE,
      y=boulder_precip$PRECIP)

Khi bạn knit tệp RStudio1 của bạn thành

# what is the working directory?
getwd()

[1] "/Users/lewa8222/Documents/earth-analytics"

# set working dir as a variable
my.dir <- getwd()

# what files are in that working directory?
list.files(my.dir, recursive= TRUE)

3, cốt truyện bạn sản xuất sẽ giống như dưới đây. Không đẹp lắm nhỉ?

Tập tin ở đâu?

Trong các bước trên, chúng tôi đã tải xuống một tệp. Tuy nhiên, tập tin đó đã đi đâu trên máy tính của bạn?